3、市场化程度低
当前，我国的种子市场已渐趋成熟，进入买方市场阶段。一些小种子公司从自身的经济利益出发，以县境为界限，封锁市场，不准其他任何单位在本地销售种子，从而实现区域范围内的独家经营，抬高价格，以达到垄断市场的目的。这种做法直接导致了我国种子市场处于条块分割、行政垄断状态。既影响了全国统一市场的形成，又削弱了这些企业的竞争能力，同时对农业生产也产生了不良影响。
（三）种子企业运行机制僵化，缺乏先进的经营管理手段
我国多数的种子企业运行机制不灵活，资金规模小，盈利水平低，经营管理手段落后。许多企业自身没有科研人员和育种条件，主要经营科研单位育成的品种，企业依附性强，专业化协作水平低，一方面经营品种小而全，另一方面经营领域专而窄，企业生产要素配置极不合理，缺乏躲避市场风险的能力。另外，我国种子企业还缺乏懂技术、会经营、善管理的复合型人才，这直接影响了企业的运营。
（四）投入不足，缺乏科技创新能力
长期以来，我国种子的科研、生产、推广和销售是相互分离的，科研经费完全依靠国家投入，科研水平低，成果转化速度慢，很难形成一个良性循环。同时，由于行业分散，单个种子企业规模小，资金有限，大都不具备科技创新能力，虽然有少数企业自身也从事科研育种，但其农业科研条件、科研人员数量和科研成果推广都因资金不足而落后于其他产业，这使我国种业科技创新严重不足，在竞争中处于不利地位。科研育种是种子企业的生命，没有新品种，企业也就失去了生存的根本。国外的种子公司都非常重视科研育种，对其投入巨资，如美国先锋公司1998年的育种科研投入就达到了2亿美元，到现在仍坚持每年销售收入的10%~12%用于科研投入。由于投入大，育种技术高，所以其新品种更新速度快，市场占有率必然就高，从而在竞争中立于不败之地。可以说，育种科研水平的高低直接决定了一个种子企业在市场竞争中的成败。
（五）对品种知识产权缺乏有力的保护
长期以来，不论是育种者，生产者还是种子经营者都对品种知识产权缺乏充分的了解，没有新品种知识产权保护意识，给种业的健康发展造成了一定的负面影响。虽然，我国已经颁布实施了《植物新品种保护条例》，但是由于起步晚，宣传力度不够和传统计划经济体制的影响，目前对植物新品种的保护力度依然不够，育种成果本身还没有成为一种商品。主要表现在：一方面，科研机构及育种专家在转让品种时，种子公司通常不愿意或不按照要求支付转让费，严重影响了科研人员的积极性和科技创新的后劲；另一方面，品种权的私下转让、假冒侵权、盗取亲本现象严重，使得品种权人不能取得培育或转让新品种而应得的报酬。这一方面使研机构研究经费补充不足，育种者积极性受挫，新品种开发缓慢；另一方面又使种子企业缺乏新品种来源，后续品种跟不上，从而使种子科研和经营两大系统都处于低效率运转的状态，不利于我国种业的协调发展。
四、我国种业的发展策略和应对措施
随着加入WTO和我国市场经济的逐步发展、完善，种子行业走向市场、参与国际竞争是大势所趋。面对经济全球化的挑战，面对实力雄厚的跨国种业集团的竞争，我国种业该如何应对，这是摆在所有种业经营者面前的问题。针对目前我国种业发展中存在的问题，借鉴国外种业发展的经验，我国种业发展应当采取如下的发展策略和应对措施。
（一）当今我国种业的发展策略
当今我国种业的发展策略主要侧重于三个方面：一是确定发展方向；二是强化体制创新和机制创新，在种子企业中引入现代企业制度和先进的经营管理手段；三是重视科技创新，加强科研投入。
1、确定正确的发展方向
根据我国国情和世界种业发展趋势，当今我国种业应向以下三个方向发展：
一是对传统育种技术进行改造，利用生物技术向传统育种技术进行渗透，提高农作物的育种效率，向以生物技术为代表的高新育种技术转变。利用传统的品种间杂交选育新品种周期较长、效率较低，而以生物技术为代表的高新技术与传统的育种技术相结合，则可以快捷高效的培育农作物新品种。因此，实施常规育种和生物技术育种相结合的科技创新战略，逐步提高我国种业的科技含量。
二是种子生产由粗放型向集约型转变。长期以来，我国的种子生产单位基本上是采取粗放的生产方式进行种子生产，对生产过程缺乏必要的监督与指导，这就导致了商品种子质量不过关，合格率低，对农业生产构成了严重的危害。今后的制种过程必须采取集约方式，变一家一户的繁殖为集中大面积繁殖，加强对播种、去杂、收获等种子生产关键环节的管理。
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